九龍東區經過兩年多的試辦期，於2009年9月1日正式成立。其成立的目的是要協助分隊工作委員會推行分區化計劃，透過區委員會的架構及模式讓區內分隊能夠共享資源，在活動和隊員訓練上促進分隊間互相合作，加強溝通及關顧，以達至凝聚力量，合一推動基督少年軍運動的目標。截至2025年3月，九東區共有58支分隊。