九龙东区经过两年多的试办期，于2009年9月1日正式成立。其成立的目的是要协助分队工作委员会推行分区化计划，透过区委员会的架构及模式让区内分队能够共享资源，在活动和队员训练上促进分队间互相合作，加强沟通及关顾，以达至凝聚力量，合一推动基督少年军运动的目标。截至2025年3月，九东区共有58支分队。